Trong một thời gian dài, người ta tin rằng sự ra đời là tín hiệu bắt đầu của vi khuẩn định cư trong cơ thể của trẻ sơ sinh. Tuy nhiên những dữ liệu nghiên cứu gần đây cho thấy trẻ sơ sinh tiếp xúc với vi khuẩn lần đầu tiên từ ngay trong bụng mẹ. Nhiều nghiên cứu khác nhau chỉ ra vi khuẩn, hay đúng hơn là DNA của chúng được tìm thấy trong nước ối, nhau thai, máu cuống rốn, phân su và cả dịch nang trứng (DiGiulio DB et al. 2008; Jiménez E et al. 2005 and 2008; Satokari R et al. 2009; Pelzer ES et al. 2013). Dựa trên hiểu biết ngày nay, ta phải giả định rằng thời điểm tiếp xúc với vi khuẩn đầu tiên là ở thời điểm thụ thai. Chúng ta đều biết rằng trẻ sơ sinh được thừa hưởng hệ vi sinh từ âm đạo và trực tràng của người mẹ khi được sinh ra. Những vi khuẩn này sau đó cũng được tìm thấy trong đường ruột của trẻ sơ sinh.

Hệ vi sinh đường ruột của trẻ thay đổi theo thời gian. Dù chưa được rõ hoàn toàn chi tiết nhưng ngày nay người ta cho rằng sự phát triển của hệ vi sinh tuân theo mô hình rõ ràng. Ổn định đầu tiên là vi khuẩn yếm khí tùy ý hoặc vi khuẩn yếm khí không bắt buộc, chúng được coi là những loại vi khuẩn “tiên phong”. Trong số những vi sinh vật trong đường ruột đầu tiên này có các loài vi khuẩn đường ruột, lactobacilli (đặc biệt là L. fermentum, L. acidophilus và L. salivarius), một số loài enterococci và staphylococci (Bischoff SC 2009). Những vi khuẩn này hấp thụ làm cạn kiệt oxy trong ruột, tạo môi trường cho nhóm loài thứ 2 - vi khuẩn kỵ khí nghiêm ngặt, tiêu biểu là bacteroides và bifidobacteria (Biểu đồ). Trong quá trình định cư, vi sinh vật kỵ khí chiếm số lượng lớn nhất trong ruột. Tuy nhiên điều này không có nghĩa chúng là nhóm vi sinh vật quan trọng nhất. Cuối cùng, điều quan trọng nhất đối với hệ vi sinh đường ruột “khỏe mạnh” là sự cộng hưởng của các loài vi sinh vật khác nhau.